Sus pobladores primitivos fueron chichimecas, otomíes, toltecas y nahautlacas. En un principio el poblado estubo asentado en un lugar llamado Teochinchán o Techinchán, que significa "Lugar de Dios todopoderoso" o "Donde abundan los lazos y trampas".
La región se anexó a la Nueva Galicia por Cristobal de Oñate en 1930.
La población de Santiago de Tequila se fundó el 15 de abril de 1530, cuando los franciscanos encabezados por Fray Juan Calero, llegaron a esta región con grupos indígenas traídos del cerro del Chiquihuitillo y la cual se dio en encomienda a Juan de Escárcena.
En mayo de 1541 los indígenas de Tequila, Ahualulco y Ameca se unieron a la rebelión de los indios tecoxines y caxcanes, reuniendose en el cerro de Tequila, guiados por Tenamaxtli (jefe de la zona norte). Fray Juan Calero fue al cerro a pacificarlos, invitándolos a bajar pero fue sacrificado a flechazos y pedradas, despojándolo de sus hábitos y colgándolo en el ídolo que ellos veneraban. También dieron muerte a Fray Antonio, guardián del convento de Etzatlán, quien había procurado por medio de la meditación evitar una sangrienta guerra.
En octubre de 1541, el virrey Antonio de Mendoza alarmado por la rebelión; se presentó ante el virrey el cacique Diego Zacatecas quien fue llevado prisionero hasta Etzatlán donde lo puso en libertad a condición de que tranquilizara a su pueblo y se dedicaran al trabajo y al estudio de la doctrina. Finalmente fue enviado a España.
Una vez derrotados los rebeldes, en diciembre de 1541; Fray Francisco Lorenzo volvió desde Etzatlán a continuar la labor pacificadora de los naturales mediante su evangelización.
La primera fábrica fue instalada en 1600 por don Pedro Sánchez de Tagle, marqués de Altamira, quien introdujo el cultivo y destilación del mezcal para producir tequila. Desde entonces la industria tequilera ha sido la principal fuente económica en el municipio.
Anteriormente el agave ya era explotado por los indígenas que lo representaban con la diosa del mezca, llamada Mayahuel. Cuando los españoles llegaron a esta región encontraron tierras plantadas con este cultivo, se supone lo llevaron a España y al ver que era de su agrado, decidieron establecer tabernas en esta región.
Por decreto del 27 de marzo de 1824, Tequila se convirtió en cabecera de departamento y en esa misma disposición se le concedió el título de villa. Desde esta fecha Tequila existe como municipalidad.
La villa de Tequila obtuvo su titulo de ciudad el 9 de enero de 1874, por medio del decreto 384, esto en reconocimiento a la patriótica y valiente conducta observada por sus vecinos el día 24 de enero de 1873; cuando el jefe político Sixto Gorjón, al frente de medio centenar de gendarmes y un grupo de valientes tequilenses se resistieron valientemente a que la ciudad fuera tomada por las huestes de Manuel Lozada "El Tigre de Alica".
El 12 de Julio del 2006 dentro de la trigésima reunión del Comite del Patrimonio Mundial de la Organización de las Naciones Unidas para la educación, la ciencia y la cultura(UNESCO), llevada a cabo en Vilna, Lituania; se declaro a Tequila Patrimonio Mundial de la Humanidad, asi también señalaron al paisaje agavero, las plantas empleadas en la producción del tequila y las antiguas instalaciones industriales de Tequila. | 
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